重庆市巴南区机构编制委员会办公室在区机构编制委员会的领导下，负责全区行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作。其主要职责是：
（一）贯彻执行党中央、国务院、市委、市政府关于行政体制和机构改革、机构编制管理的方针、政策和法规；研究拟定全区机构编制管理办法并组织实施，统一管理各镇街、区级各部门和事业单位的机构编制工作。
（二）研究拟定全区行政管理体制与机构改革的总体方案和专题方案；审核各镇街、区级各部门机构改革方案和事业单位机构改革方案；指导、协调、监督全区行政体制和机构改革工作。
（三）审核各镇街、区级各部门和事业单位机构设置、人员编制和领导职数。
（四）协调区级各部门之间的职能配置和调整，以及区级各部门与镇街之间的事权划分。
（五）审核各镇街、区级各部门和事业单位机构、人员编制和领导职数的调整。
（六）审核各镇街、区级各部门和事业单位补充工作人员编制使用计划。
（七）会同有关部门制定并组织实施事业单位编制标准；指导、协调、监督事业单位机构编制管理，监督和指导区事业单位登记管理局法人登记和年检工作。
（八）调查研究全区行政管理体制和机构改革及机构编制管理情况，监督检查行政管理体制和机构改革及机构编制的执行情况。
（九）完成区委、区政府、区编委以及市编办交办的其他工作。